A Tom Lantos Intézet Emberi jogok és identitás programjának célja az emberi jogok megerősítése a vonatkozó normák, közpolitika és gyakorlat közti kapcsolat feltárásával. Különös figyelmet fordít azoknak a mechanizmusoknak a kritikai értékelésére és fejlesztésére, melyeknek célja a nemzeti, etnikai, vallási és nyelvi kisebbségekhez tartozó személyek jogainak védelme. A program az emberi jogi normák elsajátításához és hatékony végrehajtásához hivatott hozzájárulni kutatással, oktatással, publikációkkal, valamint közéleti és tudományos értekezésekkel.
A Tom Lantos Intézet Zsidó élet programja a zsidóság sokszínű múltjára, jelenére és jövőjére fókuszál. Ápolja örökségét, a közösségek aktív részvételével hozzájárul identitásuk kifejezéséhez, és támogatja az információk átadását a jövő nemzedékei számára. A helyi közösségekben a zsidóság történetének és jelenének számbavétele, megjelenítése és oktatása az antiszemitizmus elleni fellépés eszköze is. Az antiszemitizmus kutatása az oktatással együtt hozzájárul a program céljának beteljesítéséhez.
A Tom Lantos Intézet Romák emberi és állampolgári jogai programja a romák önértelmezésére épít, hozzájárulva az előítéletes reprezentáció megszüntetéséhez. A kutatási projektek a romák társadalmi, gazdasági, kulturális és közügyekben való részvételének természetét és feltételeit vizsgálják, ösztönözve az aktív állampolgárságot. A roma népirtásról és ellenállásról szóló kutatások és oktatási tevékenységek feltárják a roma történelem legsötétebb időszakát, és támogatják a romák és nem romák közötti megértést és megbékélést.